物語の登場人物
主人公の桜木健二（阿部寛）は、元教え子の水野直美（長澤まさみ）・元龍山高校で現教頭の高原浩之（及川光博）共に龍海高校で東大専科を作る。
理事長の龍野久美子（江口のりこ）は東大専科を反対していたが、前話で行われた東大専科の岩崎楓（平手友梨奈）・早瀬奈緒（南紗良）・瀬戸輝（高橋海人）・天野晃一郎（加藤清史郎）・原健太（細田佳央太）・小杉麻里（志田彩良）VS藤井遼（鈴鹿央士）の対決で藤井が負けてしまい、藤井が勝つと掛けていた久美子は東大専科の反対を押しきれずにいた。
そして、勝負に負けた藤井は東大専科の合宿に3日間参加することを約束した。
小杉は家庭内の男尊女卑により父親から暴力を受けていたため、大学に進学することを反対されていた。
しかし、内心東大にいきたがっていた小杉は東大専科に入ること自体は反対していたが、東大専科の3日間の合宿には参加を応じることとなった。
読解力を身につけろ！
東大専科では、「走れメロス」の要約を10分で作成する課題に取り掛かっていた。
しかし、それぞれの生徒は読解力が皆無であり、要約が出来ていなかった。
そんな生徒たちに桜木は「幼い頃にどれだけ本に触れてきたかで読解力が身に付く」と生徒たちに教える。
幼い頃ならもう間に合わないと生徒たちは嘆くが、特別講師を呼んであると告げ、数学の講師よりさらにスパルタであることを聞いた生徒たちは不安になりながらも合宿を迎えた。
合宿初日
朝6時に呼び出された生徒たちは眠気を覚ますため、桜木の指示でドラゴン桜の周りを20周競歩で運動した。
その後、教室で授業を開始するが、初日は「自由時間」と告げられた。
皆疑問に思いながらも、各々作業に取り掛かるが天野・早瀬・瀬戸は集中できずに教室を飛び出し、心配した岩崎は3人を追いかけ外に出てしまう。
水野は自由時間を作成した桜木の真意が掴めず、生徒たちも教室を飛び出したため学校中を探し回っていた。
そんな中桜木はヤンキー2人組をトラックで引き連れ、夜ご飯の準備を始めた。
水野は桜木に若干怒りながらも真意を尋ねるが教室に生徒は皆戻っているはずだと桜木は言う。
実際に戻ると全員席につき、真面目に勉強をしていた。
4人は、藤井・小杉・健太の3人の異様な集中力を見て、自分もこのままではまずいと勉強に取り掛かっていたのだ。
桜木は「競争心に火がつかない人は東大に絶対入れないことを4人は気づいている」と言い、生徒たちの自由時間を見守った。
夜ご飯の時間になり、生徒たちはご飯をお腹いっぱいになるまで食べるが、その後勉強に取り掛かろうとしても眠気が襲い、集中できずにいた。
脳と体を鍛えるために食事は必須であるが、急激にご飯を食べることで血糖値が上がり体に眠気が襲ってしまうのだという。
今後、ご飯は満腹になるまでは食べないことを生徒たちに釘をさした。
同等関係＝言い換えは全ての教科に使える！？
合宿2日目
生徒たちは6時に叩き起こされ、制服でラジオ体操を行った。
桜木はいつもの服装・いつもと同じ時間・同じルーティーンで行動することが東大合格の秘訣であると教えた。
そしていよいよ新国語の講師・太宰府治虫先生が登場した。
少し変わった様子の太宰府先生は、突然黒板を叩き「国語は科学・創作は建築学・優れた文章は建築学に則って作られている」と説いた。
小説などの文章は、常に言いたいことは一つであり要約とは頭の中で構造化することである。
東大への合格に繋がる読解力は、同等関係・対比関係・因果関係の三つが大切であり、全ての教科で必要になってくる。
そして、要約のポイントは、必要な単語をピックアップし、時系列を変えること。
次に、主語述語の繋がりを捉えて文をつなげることが不可欠であり、藤井を含む生徒全員が大きく進歩する授業となった。
東大専科は国語の授業の後、学校の校庭で特訓中に小杉の両親が学校に来校する。
桜木・水野は内心東大に行きたがっている小杉を擁護したが、威圧的な態度をとる父親に母親も小杉も逆えず、大学には行かず、さらには高校を退学すると父親が宣言した。
家に帰った後小杉は父親に反発し、高校だけは続けたいとお願いするが怒った父親がまりに手を加える。
友を救え！
合宿最終日
生徒達は「走れメロス」の要約を再び取り掛かるが、以前より格段にわかりやすい文章へと変わっていた。
そしてこの話の一つだけ言いたいことは「友を信じて待て」という要約であることに生徒は皆共感をもち、同時に小杉を思い浮かべた。
小杉を東大専科に入れたい他のメンバーに対し、桜木はある課題を提示する。
小杉の両親は再び来校し、退学の手続きを行うよう進言するが
男尊女卑の考えを曲げず、娘を自分の学歴より有意に立たせることを嫌がる父親に対して桜木は反発する。
しかし、小杉の親には苦い過去の失敗が存在した。
小杉の祖父は昔、会社が倒産した事。
そして、それまで優しかった父親が急激に変化したこと。
全て小杉は知っていた上で、殴られても進路を妨害されても、たった1人しか存在しない父親だから訴える事だけはやめてほしいと先生たちに伝えていた。
そんな話の中、生徒達がその話し合いに急遽参加し、桜木が以前課題として出した「小杉まりが東大に行くべき要約」を小杉に向けて話した。
そして、小杉はついに「みんなと東大に行きたい」と強い意志を持って親に告げる。
父親はその場で涙を流し、東大専科に入ることを許可し、無事小杉の問題は解決した。
そんな最中で3日間の合宿は無事終了し、藤井は合宿だけの関係だったため、今日で専科を終わりとなっていたが、この3日間で東大専科の充実した生活を送れていた藤井は自分から「俺も東大専科に入りたい」と言う。
以前、藤井に意地悪されていた健太も東大専科に入ることを許し、藤井は今までの暴言・暴力を謝罪した。
順調に進んでいる東大専科に理事長の父は、学園再建のために東大合格者を何としても5人以上入れてくれと再度桜木に伝える。
しかしその真意とは本当に東大合格者を出したいだけなのか・・・？
そして、次回は東大模試を実際に行い見込みがない生徒は東大専科から抜ける！？
生徒達は果たして東大専科を続けられるのか・・・！