物語の登場人物
主人公の桜木健二（阿部寛）は、元教え子の水野直美（長澤まさみ）と共に龍海高校で東大専科を作る。
理事長の龍野久美子（江口のりこ）は自由な校風を求めるあまり、東大専科を反対していたが、元龍山高校で現教頭の高原浩之（及川光博）が学力低下による入学生定員割れの改革を起こそうと桜木を呼んだ。
しかし、桜木は生徒達に「東大には絶対いくな」と呼びかける。
その思いには、東大不合格になり、自殺未遂まで犯した米山圭太（佐野勇斗）との過去に関係していた。
無事に東大専科を作ることに成功した桜木・水野は岩崎楓（平手友梨奈）・早瀬奈緒（南紗良）・瀬戸輝（高橋海人）・天野晃一郎（加藤清史郎）とともに東大を目指すこととなる。
瀬戸のラーメン屋には、以前同じ事務所で働いていた岸本香（早霧せいな）と桜木・水野が食事をとっていた。
帰りに自家用車に乗った岸本は、桜木・水野と別れたあと米山と密会をしていた。
一方藤井遼（鈴鹿央士）は以前のテストで負けたことでスランプに陥り、性格も段々と歪んでいった。
見かねた久美子は藤井VS東大専科で大学入学共通テストの英・数・国で最高得点を競う勝負をすることとなった。
しかし、現在の専科メンバーでは藤井に勝つことは出来ない。
そこで桜木は秘密兵器・原健太（細田佳央太）を専科に招き入れる事となった。
悔しかったらテストで見返せ！
健太の成績は理科以外全て最低評価の1だった。
健太は発達障害の特性があり、教室に座っていられないことや、簡単な計算式も解けないことは学校中の誰もが知っていることであった。
専科のメンバーも藤井も健太が秘密兵器であることに疑問を隠せなかったが、性格の歪んでしまっている藤井は健太の大切にしている虫かごを蹴り上げ、健太を虫けら扱いした。
虫達を傷つけた藤井に健太は激怒し藤井を突き飛ばすが、桜木は暴力を否定した。
代わりに次の試験で勝たせることを約束し、東大専科に入ることを約束した。
しかし、水野はなぜ健太が秘密兵器なのか理解できず、最初は幼なじみの小杉麻里（志田彩良）を巻き込むために健太を誘ったのかと考えたが、桜木は否定するのみだった。
担任の先生も小杉も心配し桜木を疑う一方で、健太は着々と勉強し、ドラゴン桜の前には数式や英語が大量に書かれた画用紙が周囲に散りばめられていた。
それでも健太が桜木に無理やり勉強させているのではないかと疑う担任は、頑なに
「健太がこんなもの書けるわけがない！」と言い張っていた。
しかし、大学共通テストの問題を見ただけで全問正解してしまう健太の姿に、担任と小杉は驚きを隠せなかった。
担任は健太が学校に通いやすくなるため二年間必死に努力し、昆虫標本や昆虫たちをいれた虫かごを教室に置き、健太を喜ばせようとしていた。
しかし、健太は一切喜ばずに教室を後にしていた。
虫たちに伸び伸びと暮らして欲しいと考えている健太には、標本や虫かごに入れる行為はご法度だったのである。
しかし桜木は、虫の羽の動きを気にして観察をずっとしていた健太を見て、ハーバード大学の教授が書いた昆虫の羽の論文を渡した結果、２.3日で英語も全て読解できるようになっていた。健太は聴覚的短期記憶が特に困難だが、目から記憶したものは一瞬で辞書１冊分丸々覚えることができることがわかった。
自分にそのことが気付けなかったと落ち込む担任に、勉強に抵抗があった健太に対して、ゲームなどを駆使して健太がより良く勉強できる環境づくりを行った東大専科たち・そして常に健太の味方でいてくれた先生・小杉がいなければ健太の才能はここまで開花していなかったと言い、桜木は担任を慰めた。
桜木も健太の才能に気がついたのは最近で、数週間前に昆虫の動向から天気予報をあて、洞察力・記憶力・観察力を駆使して物事を理解する力が十分にあったことがきっかけだった。
しかし、英語のリスニング・国語の読解力は健太の特性上点数をとることは困難であった。そのことに気づいた東大専科は、藤井と並ぶ学力トップクラスの小杉に東大専科に入るよう説得を持ちかけていた。
できないことがあるから、仲間が居る！
試験当日、姿を表さない健太に小杉は桜木を呼び出し、健太の元へ向かった。
健太は、試験前に藤井から虫の解剖を見せつけられ、東大の研究者は虫の解剖を行っていることを知った健太は東大に行くことを拒むようになってしまった。
そして発達障害のせいで他の人ができることが自分にはできず、思い悩んでいた健太に桜木は「出来ないことがあるから仲間がいるんだろう！」と健太に説き、自分の納得できないことを変えるために東大に行くんだと言った。
１つ目の数学試験が終わる２０分前に会場に着き、途中参加した健太、そして小杉。小杉は自分の意思で東大専科に入ることを決意した。
テストが全て終了し、結果発表がされた。
藤井が国語/169点・英語/170点・数学/162点なのに対し、東大専科の最高得点は
国語（小杉）/175点・英語（小杉）179点で2勝のため勝利を収めた。
そして数学の最高得点は健太の198点という結果となり、健太は見事藤井に勝利することができた。
藤井が今回も敗北した原因は、1人でこの勝負に挑んだことにあると桜木は言う。
実際に進学校で同じ東大合格を目指す同志が１０人以上居る学校と、地方から1人で東大を目指す学校では、受かる確率も自信も格段に変わるというデータが存在している。
納得していない藤井は、教室のドアを大袈裟に開け、逃げるように出て行った。
次回予告
勝負も無事終わり、東大専科を辞めると言い張る小杉に水野は止めに入るが、「親に反対されているなら私から伝えようか？」という水野に大声で「やめてください！」と拒絶反応を起こした。その表情には、にわかにだが怯えている様子もうかがえた。
小杉と健太は帰り道、小杉の家に着くと窓からカーテン越しに男性がケータイで誰かと通話しながら頭を抱えている姿が見えた。健太は心配しながら小杉を覗き見るが、小杉は「大丈夫」と言い家の中へ入っていった。
その後、隣の家に住んでいる健太は小杉の家から聞こえる大きな物音と、「女のくせに大学に行くだと！？」という罵声を聞きつけ、心配した様子の健太は小杉の家の前をさまよっていた。
次回は2泊3日で勉強合宿を行うことになった東大専科。
勝負に負けた藤井も罰として合宿に参加することとなりメンバーは７人に！
国語のくせ者講師が次回登場！そのくせ者とは。。。