父失踪の謎
美神アンナ（広瀬すず）は父・美神始（仲村トオル）が失踪したと聞き、インドから帰国して父の友人の探偵・栗田一秋（江口洋介）の助手を務めることになった。
栗田は始の失踪に関する事件を調べるために探偵を引退。
事務所名をネメシスに変更し、CEOに就任して始失踪の謎を追っている。
探偵を引き継いだ風真尚希（櫻井翔）だったが、推理はからっきし……もっぱらアンナが推理を担当して、風真を指示するように。
大富豪の殺人事件に引きつづき、クラブを隠れ蓑にした特殊詐欺事件に巻き込まれた兄妹を救った。
兄妹たちの育った養護施設から始の関与した事件の手がかりが出てきた。
遊園地の爆破事件
風邪気味と言って事務所を早退した風真の様子がおかしい。
アンナと栗田が後をつけると、風真は上原黄以子（大島優子）の車に乗って遊園地に向かった。
すっかり黄以子と恋愛かと思われたが、実は風真が昔世話になった八景島シーパラダイスの依頼だった。
連続爆弾魔ボマーがシーパラダイスに爆破予告をし、5億円の要求を迫った。
神奈川県警捜査一課の千曲鷹弘（勝地涼）、四万十勇次（仲村蒼）、小山川薫（富田望生）は既に捜査に乗り出していたが、太宰社長（浅野和之）は名探偵である風真に是非事件を解決してもらいたいと直接依頼してきたのだ。
栗田はアンナの危険を心配して捜査から外した。
暇を持て余したアンナはリアル脱出ゲームに参加したいがペアでないと入れない。
入り口で四葉朋美（橋本環奈）に声をかけられ、一緒に参加し、意気投合する。
そんなときに、警察の関与を察知したボマーは、閉鎖してあるレストランを爆破！
つづいて社長、タカ＆ユージや栗田が乗ったバスはスピードを落とすと爆破する仕掛けになっており、身動きが取れない。
ボマーが要求した2億円の現金の引き渡し役は風真になった。
アンナはいつも通り犯人の動きを推理するが、朋美もまた数学専攻の大学生で数式を駆使して敵の動きを言い当てた。
朋美の推理通り橋の下に現金が投下されるが、下を通る船は囮で、現金はドローンが回収した。
ドローンの行方を追う県警捜査員だったが、ドローンは現金ケースを水中ドローンにバトンタッチ。
まんまと現金は奪われてしまう。
爆弾魔の正体は？
アンナと朋美は推理と数理でボマーが園内に潜んでいると特定した。
内の外にいると思われたボマーだったが、ドローンを操縦するためには園内にいなければならない。
ボマーの会話には園内にいないと分からない事実が盛り込まれている。
朋美の計算で体重60キロ以下の者は重りを入れることで、脱出することができた。
しかし、体重が60キロ以上の栗田たちは爆弾が除去されるまで、バスに置き去りになった。
朋美は残りの爆弾は園の目玉の水族館にあると特定して、水族館の地下で爆弾を発見した。
名コンビ結成？
アンナと朋美の活躍でボマーは逮捕され、事件は無事解決した。
インドから戻ったばかりのアンナは朋美に友だちになって欲しいと頼んだ。
朋美は快諾し、風真にも好意があるようで、アンナと一緒に探偵事務所を手伝うことになりそうだ。
次回、学校で事件が発生し、アンナは学生服を着て生徒として学校内で潜入捜査することになる。