物語の登場人物
主人公の桜木健二（阿部寛）は、元教え子の水野直美（長澤まさみ）・元龍山高校で現教頭の高原浩之（及川光博）共に龍海高校で東大専科を作る。
しかし、ある日桜木宛に送られてきたファイルから、先代理事長・恭二郎（木場勝己）による久美子（江口のりこ）の理事長退任と学園売却計画が発覚。その背後には、坂本（林遣都）・米山（佐野勇人）・岸本（早霧せいな）が龍海学園周辺の敷地を使いリゾート計画が進んでいた。
岩崎楓（平手友梨奈）・早瀬奈緒（南紗良）・瀬戸輝（高橋海人）・天野晃一郎（加藤清史郎）・原健太（細田佳央太）・小杉麻里（志田彩良）・藤井遼（鈴鹿央士）の７人と岩井（西垣匠）・小橋（西山潤）の補欠2人はその事実を知らず、共に東大を目指して勉強に取り組んでいた。
２次試験が迫る中、桜木はますます厳しい状況に追い込まれていた。学園買収には教頭の高原が関わり、水野は心を痛め、久美子は「生徒達のために奇跡を起こして」と桜木に頼む。一方、共通テストで思うような点数が取れなかった藤井は、あえて険しい道だが自分のやりたいことから背を向けず、桜木に言われていた文転を理科一類に変更した。専科から離脱した瀬戸は、桜木の提案で倍率の高い文3から文2に変更し、瀬戸の620に対する文2の合格ラインはボーダーの620点以上だったためギリギリ合格だった為、２次試験を受ける為再び東大専科に戻った。岩井・小橋は一次試験の合格ラインに到達できず不合格。来年本格的に東大専科を受ける覚悟を決めた。
そして、２次試験に向けてラストスパートに突入する東大専科。生徒達は、最後の追い込みで東大の過去問を必死にやり遂げる。そんな生徒たちに桜木が用意したスペシャルゲストは、何とシーズン１に出てきた初代東大専科の小林麻紀（紗栄子）・奥野一郎（中尾明慶）・緒方英喜（小池徹平）の3人であった。
3人から東大試験の対処法やアドバイスを聞き、ますます気合が入った東大専科は、先輩達に背中を押されいよいよ２次試験当日を迎える。
東大専科、運命の合格発表
試験当日、様々な葛藤を抱く生徒達だが、健太の発達障害による行動や仕草に苛つきを覚えた他校の男子生徒2人が試験中、健太に対し後ろから蹴る・落とした消しゴムを遠くに飛ばすなどして嫌がらせをしていた。
昼休み中、たまたま近くに居た藤井がてんとう虫を観察している健太を微笑ましく見ていた時、健太に対し嫌がらせをしていた男子生徒二人組が再び現れ健太に暴力を振るっていた。前日、桜木に「他人のことは気にするな。自分のことだけ考えろ」と忠告されていたことを思い出し、藤井は見て見ぬ振りをするが、健太に対する暴力が過激になっている状態で放置することができず見兼ねて助けに行った。「俺の友達に何をしてるんだ！」と一年前の藤井からは考えられないような発言で健太を守った。しかし、その二人組と対峙している最中に藤井は利き手首を負傷してしまい、昼休み後の試験に大きな支障が出ていた。
試験が終わり、いよいよ結果発表日。
以下の合否が決まった。
小杉 合格
早瀬 不合格
健太 合格
天野 合格
岩崎 合格
藤井 不合格
瀬戸は不合格と思われたが、文科3類から文科2類に変えたことを忘れていた為掲示板を見間違えていた。
再確認すると、そこには瀬戸の番号が合格掲示板に載っていた。
瀬戸 合格
東大専科から合格者5人が輩出され、それぞれ喜びとともに理事長解任・学園売却が決定したも同然であった。
学園売却最終対決
夕方、リゾート賛成組が学園に来校し緊急理事会議を開いた。
久美子は約束通り理事を解任・高原が理事長に就任され、同時に統合型リゾート地の設営も可決されてしまった。
これにより恭二郎・岸本・高原の野望があと一歩まで近づいたところで、米山・坂本がぬか喜びをしている3人を笑い始めた。
実は2人は桜木の味方で、２年前から米山を自殺未遂まで陥れた真犯人を探していた。
米山の東大受験前、メールで何通も「お前は受からない」など桜木名義で誰かから送られ、精神的に追い詰められた米山は人生を狂わされた。同時にその事件による内容をマスコミからデマや流出が多発し、普通に生活することが不可能となった桜木も同じく人生を狂わされ、その真犯人は岸本だったという。
岸本の懐に入り、情報収集をしていく中で今回のリゾート計画における反対派の地域住民達の現金買収を裏で工作していたことが判明し、この事実がマスコミに伝われば岸本は弁護士資格の剥奪・高原・恭二郎の野望が儚く散ってしまうこととなる。
米山は岸本を徹底的に潰すために二年間必死に証拠集めを行なっていたが、桜木は米山に「前をむけ。自分の人生を生きろ」と説いたため、二年間の復讐に終止符をうった。
しかし、リゾート地のプロジェクトを進行していた取引先が現金買収を裏で行なっていたことにより信用が失われ、計画は白紙になり今までの恭二郎達の計画が完全に水の泡となった。
恭二郎は怒り狂い、部屋を出て行こうとしたところへ久美子が「絶対この学校を再生させるから」と言い残し、恭二郎は無言で出て行ってしまった。
後に、この二年間のスパイ活動にシーズン１の生徒である矢島（山下智久）・香坂（新垣結衣）も関わっており、後輩の手助けを行なっていることがわかった。
香坂は後日龍海高校に来校し、桜木と水野に顔を出しにきた。
これにより学園売却は一件落着。矢島のマスコミに垂れ流した「偏差値36龍海高校から東大合格者5人輩出」と言う記事を見た人々から続々と学園に電話が殺到し、龍海学園の経営問題も解決の見込みが窺えた。
最後の授業
卒業式、久々に東大専科の全員が集まった。
桜木の住処であるテントが教室にないことを小橋・岩井が聞いたところ「俺もお前らと同じく卒業だ」と言い、桜木が東大専科からいなくなることを告白した。
当然、岩井・小橋・藤井は「おれら先生のために留年したんだぞ」と怒るが、桜木は「お前らなら来年は絶対大丈夫だ」と自信満々に言い張っていた。
桜木は最後、生徒一人一人にエールとアドバイスを送った。そして桜木は「人生で大切なことは、人生を変えようとする熱意・仲間への想い。その道のりがお前らの価値にある」と伝えた。
そして桜木は水野に頭を深々と下げてお礼を言う。水野のお節介、仲間想い、そして恩返しが無一文だった桜木の人生を大きく変えていたことに、桜木自身が一番気付いていたのだ。
最後に桜木は東大に行くことよりももっと大切な、人生についての授業を行った。
「お前らが真っ直ぐな思いで突き進む時、その姿は他の誰かを動かす原動力になる。
自分を信じてまっすぐ突き進め！
そうすりゃいつかその人は人に勇気を与え、希望を与える。
お前らの熱意が 努力が 思いやりが 周りの人間を突き動かす。
そしてそれは巡り巡っていつか社会を変えていくんだ。
人生を切り開け！常識を変えろ！
こっから先の未来を作っていくのは国でも環境でもねえ、お前ら自身だ。
お前らバカはもうバカじゃねえ。
お前らには仲間がいる。
その輪を広げて行け。
いいか。自分の信じる道を行け！」
桜木はそう言い残し、東大専科の授業は終了した ???。