元に戻った2人、しかし、2人とも逮捕！
警視庁の刑事望月彩子（綾瀬はるか）は連続殺人事件の容疑者・日高陽斗（高橋一生）と魂が入れ替わる。
日高の容疑を払うために工作しながら、事件の真相を探った。
日高は双子の兄・東朔也＝湯浅和男（迫田孝也）の犯行をかばうために、自分がやったと見せかけ、事件現場から兄の痕跡を消していた。
第４の殺人事件で東が落とした日高の乳歯が発見されて、彩子にも警察の手が伸びてきた。
彩子と日高は再び歩道橋の階段で転落し、元通りになった。
犯人と容疑者を装いながら、東の向かう奄美大島をめざした。
彩子と日高が乗り込んだフェリーに、偶然東と彩子の同居人・渡辺陸（柄本佑）も乗り合わせていた。
末期の膵臓がんだった東はフェリーの中で死亡。港に着くと刑事・河原三雄（北村一輝）が乗り込んできて、彩子に手錠をかけた。
河原は彩子が事件に関与していることを見抜いていた。
日高がすべての罪をかぶる、しかし彩子は……
八巻英雄（溝端淳平）が日高と東を確保するため単独行動をとったと捜査一課課長・十久河広明（吉見一豊）に証言したため、彩子は容疑を免れた。
日高は全ての殺人を自分が単独で行ったと主張した。
兄の名誉を守るため、そして彩子に容疑を向けないため、全ての罪を一身にかぶろうとしていた。
彩子は自分が取調べを行うと主張するが、河原が担当することになる。
河原の尋問に論理的に答え、日高の容疑が決定的に……
彩子は東の犯行を証明するために、東の部屋を調べるが物証は出てこない。
河原は彩子の関与を証明したくて、日高の尋問を先延ばしにする。
唯一の手がかりは、東の残したSDカードだったが、それは陸が持っていた。
しかし、陸は彩子に知らないと嘘をつく。
一発逆転、新証拠を発見!
河原は彩子の部屋に反抗を裏付ける証拠があったことを訴えた。
しかし、日高は彩子に罪をかぶせるために部屋に侵入して、証拠を置いたと供述した。
鑑識課の新田将吾（林泰文）が防犯カメラの映像を解析し、東がネットカフェを利用していたことが分かる。
東が利用したネットカフェの店員がSDカードのデータを消去してしまったという。
もう打つ手がないと絶望的になったとき、一通のメールが届いた。
そのメールには東が全ての犯行を自分が行ったと証言した動画が添付されていた。
その動画は陸がSDカードから抜き取ったものだった。
彩子は取調べ室に走り込んで、日高の無実を主張。
日高は自分が東に頼んで動画を撮らせたと主張するが……
単独犯を主張する日高の証言とは矛盾している。
日高は彩子の説得で、ようやく自分の犯行ではないと認めた。
やがて、月日は過ぎて……再び2人は……
東京へ戻ってきた陸だが、彩子の部屋を出て行き、それ以来戻ってこない。
日高は証拠隠匿罪と死体損壊罪の罪で実刑判決を受け、3年の懲役になった。
彩子と八巻は警察学校へ異動を命じられた。
3年が過ぎて、懲役を終えた日高と彩子は歩道橋の上で再会した。
日高は魂が入れ替わったのが、彩子でよかったと感謝の気持ちを伝えた。
彩子は凶器に使われた丸石を日高へ返した。
血を洗い流した丸石には魂の入れ替わり伝説の花・シヤカナローが描かれていた。
別れの挨拶をしてすれ違ったとき、再び2人の言葉使いがおかしい……
彩子と日高の魂は再び入れ替わったのだろうか？
それとも……